所谓书吏，是中央与地方衙门中，专门负责文书处理与档案收存人员的总称。他们多是科举落第的知识分子，虽无官的名分，却行使着官员的部分职权。康熙帝晚年，“政宽事省”“无为而治”。诸多官僚作威作福、腐化愚昧、不视政事，只依靠幕友和书吏办事，以致吏治废弛败坏，各衙门书吏“人多庸猥，例罕完善，甚至夹私诬罔，贿赂行文”(章学诚《文史通义》)。对书吏队伍中的这种腐败情弊，雍正帝曾尖锐地指出，官衙书吏“一尘不染者仅一、二人而已”(《清世宗实录》)，已严重败坏和妨碍国家的行政。因此，在他即位后，针对部院衙门的书吏进行全面清理整肃。
谕令革除“部费”
“部费”，是中央部院的书吏向地方公开索要各种小费的俗称，上下皆知，公然行之。以兵部为例，据档案载，仅陕西兴汉镇(今隶属安康市)的兵丁，每年就要摊派凑银300两，作为到部办事之用，其中庆贺表笺诸事每年送部费40两，呈报册籍诸事每年送银24两，这些已成定例。
雍正帝了解到这一情况后，于雍正八年(1730)三月颁谕指出：兴汉一处如此，则各省与此处相类者亦必不少;兵部书吏如此，则其他部院衙门收取部费者亦定是大有人在。“此皆内外胥吏等彼此串通，巧立名色，借端科派，以饱私囊。”“着通告各省营伍，若有似此陋规，即严行禁革。如部科书吏人等仍前需索，或于文移册籍中故意搜求，着该管大臣等具折参奏。”(《雍正朝汉文谕旨汇编》)
严禁需索讹诈
刑部衙门专司刑名，人命攸关，“部中奸滑胥役，得以操纵其事，暗地招摇”。收到好处费的，则援引轻例，有的甚至将地方督抚的补参咨文沉压下来，暗中潜消其案，求得大事化小，小事化了;没有收到好处费的，虽然督抚声明情有可原，应予宽免，其胥役仍欺隐蒙混，不准邀免。这样，刑部胥役几乎把持了这类补参案件，其标准就是以是否收到好处费来定能否宽免。为根除这一腐败弊端，雍正帝颁谕：嗣后三法司会议案件，凡有行令补参者，督抚咨文到部，其或处或免作何完结之后，令刑部知会画题衙门，公同刷卷，“如此，则胥役不得萌逞故智上下其手矣”。(《雍正朝汉文谕旨汇编》)
就刑部书吏的勒索舞弊问题，监察御史耿大烈在雍正十一年三月十七日具呈的一道奏折中谈到：充军流放人犯，例可赎罪者，由刑部查明所犯情由奏闻，请旨定夺。然而，刑部“不法书吏竟敢任意作奸，或称具呈有费，批呈有费，以及查对原案具奏先后迟速之间，百计勒索讹诈”(《雍正朝汉文朱批奏折汇编》)。雍正帝据耿大烈所奏，指令刑部各官“严禁书吏，不得借端需索”。
书吏不得主稿
书吏作弊，还往往在援引案例上做文章。清朝刑罚，律无明文的多比照旧案。由于例案多变，办案人员可以随意比附，而且藉此还可以推卸责任，于是书吏便往往从私利出发，断章取义。蒋良骐《东华录》载，雍正朝刑部书吏在查阅文书档案提供例案时，“往往删去前后文词只摘中间数语，即以所断罪承之。甚有求其仿佛比照定议者，或避轻就重，或避重就轻，高下其手，率由此起”。
针对这种情弊，雍正十一年三月，刑部右侍郎觉河图具折指出，刑部衙门责任重大，一切“稿案”自应由司员主稿，不得假手书吏，致滋弊端。在实际办案过程中，常常是司员酌定主意，而叙稿成文却出于书吏之手，致使书吏得以舞文弄弊，作奸犯科。为此，觉河图奏请：“嗣后各司一应档案，仍令各司主事稽查”，满汉各官“亲自主稿”。(《宫中档雍正朝奏折》)雍正帝对此表示赞同，谕令照其所请实行。
严防增删案卷
清初旧例，各部院衙门司官升迁调转，其所掌管的案卷新旧交接时，一般是在案卷的封面上注明司官姓名，接缝处或标“封”字，或用司印，没有统一的规定。制度上的漏洞，给掌管案卷的书吏进行徇私舞弊提供了机会，常有增删案卷的事情发生。
雍正帝就此于元年三月颁谕各部院衙门：“收贮案卷，封禁虽严，而翻阅查对，不能脱书吏之手，盗取文移，改易字迹，百弊丛生，莫可究诘。嗣后司官迁转，将所掌卷案新旧交盘，各具甘结，说堂存案。”一个月后，雍正帝又进一步指令：各衙门案卷，“有添写处，亦用堂印。并设立印簿，开明年月、用印数目、用印司官姓名。如此，则无腾挪之弊，卷案亦按簿可查。传谕各衙门一体遵行”。(《雍正朝汉文谕旨汇编》)此谕令从制度层面上严格约束了管理档案的吏员。
禁止书吏馈送
雍正帝认为书吏“狡猾性成，或以小忠小信趋奉本官，得其欢心”。为此，他严禁各部院司官书吏向堂官馈赠送礼。
雍正十年九月二十六日，雍正召见各部尚书、侍郎，当面指出：“部院事务，每有本衙门堂官为司官书吏所蒙蔽，不能尽知。”同时更谈到，各部院的司官书吏为往上爬，往往向堂官送礼，他说：“即使所馈无多，而一经收受，则举劾之际，不无瞻徇牵制。如其人果属可举，而曾经收受馈遗，则虽公亦私，转滋物议;如系不堪之人，因平日受馈，情面难却，或姑为容留，或滥行举荐，必致贻误公事，有违国家澄清吏治之大典。”(《雍正朝汉文谕旨汇编》)因此，雍正帝明令禁止部院堂官收受司官书吏的馈送。
禁止长期任职
雍正帝注意到，在各部院供职的书吏，时间一长，便会在衙门内、在京城结下关系网，容易徇私作弊。为此，他规定，部院衙门的书吏必须五年一换，期满不得再留。
上有禁令，下有对策。书吏们不能在本衙门继续留职，“役满之后，每复改换姓名，窜入别部，舞文作弊”。有的则“盘踞都中，呼朋引类，遇事生风，影射撞骗，靡所不为”。有鉴于此，雍正帝又多次颁发谕旨，查拿这类书吏。他命令“都察院饬五城坊官严查访缉，其有潜匿京师及附京州县者，该地方官定以失察处分。有能拿获者，以名数多寡，分别议叙”，“严禁缺主、挂名、冒籍、顶替”之徒混充官衙书吏。(《雍正朝汉文谕旨汇编》)由于雍正帝对中央机关书吏的大力整顿，“奸徒渐知敛迹，部务得以整齐”。乾隆帝登基后，还特地重申，沿用其父这套管束书吏的办法。